執行機關/主持人/共同主持人(包含執行機關單位，更換主持人/共同主持人)。
計畫執行期限變更（含延期或縮短期限；延長計畫執行期間以一次為原則，最多以延長一年為限）。
計畫中/英文名稱變更。
計畫註銷(包含計畫通過後未執行，計畫執行過程中不再執行)
核心設施使用費追加。
貴重儀器使用額度追加。
計畫經費變更(包含各項費用經費流用超過百分之五十，各項經費追加減，研究設備費變更等)。
國外差旅出國種類變更(係差旅費「「用途」之變更；例如出席國際學術會議改國外移地研究)
辦理時程：計畫執行結束前於國科會變更系統線上送出後印表簽辦，逾期系統自動關閉將無法送出。
辦理方式：計畫主持人進入國科會網站→研究人才個人網→執行中計畫→變更→存檔、線上送出並列印專題研究計畫變更申請表→研究發展處。
審核流程：
執行機關審核(執行機構審核)：申請表→研發處→會計室（人事室）→秘書處→申請人自行存查以憑核銷及查核。
國科會審核：申請表→研發處→會計室→秘書處→研發處傳送至國科會審核7~10個工作天→國科會函覆→研發處以簽辦方式知會計畫主持人，並請自行影印乙份留存，以憑核銷。